男性尖锐湿疣的症状主要可有瘙痒、外伤摩擦后出血、以及大的疣体继发感染后有恶臭。尿道内男性尖锐湿疣通常无症状，但脆性损害可引起血尿，很大的疣体则会引起尿路梗阻。临床常见的男性尖锐湿疣的症状有丘疹、角化性斑块、乳头样或菜花样赘生物，散在或融合，同一患者常有多种表现。颜色从粉红到灰白色，取决于单个乳头毛细血管的充盈状态。大小不等，质地多数较软。好发部位是冠状沟、包皮、龟头、系带、尿道口、阴茎体、肛周和阴囊。乳头样或菜花样疣主要发生于潮湿部位，如包皮腔、尿道口和肛周。圆形丘疹疣主要位于干燥部位，如阴茎干及有毛的会阴部，颜色可呈肤色或有色素沉着。扁平角化斑块疣无蒂，表面粗糙，略高于皮面，有程度不一的色素沉着。有学者提出明显的棕色或灰色色素沉着提示角化不良，应做活检。已有13例膀胱男性尖锐湿疣的报道，多数伴发尿道损害，部分患者和使用过免疫抑制剂有关。
