一、隐深部位的感染：由于致病菌隐藏于组织深层，以及潜藏于尿道隐窝、尿道旁腺等部位，使得药物很难对其全面杀死，给康复留下了后患。同时急性尿道炎有可能伴发前列腺炎，当尿道炎治疗后，仍可因来自前列腺的感染而复发。
二、潜伏隐匿感染：部分微生物引起的尿道炎经抗生素治疗后，因药效和疗法的缺陷，在饮酒、劳累、精神紧张等因素出现时，可能诱使潜伏致病菌繁殖，从而出现症状，即尿道炎复发。
三、致病菌耐药：由于发病初期治疗不规范，盲目用药、破坏内环境，并造成细菌耐药，疗效不佳，时好时坏，导致持续的尿道炎发生。
四、并发症的影响：如若病情反复，长期炎性损害，造成尿路黏膜、肾盂肾盏受损、纤维化、变形，尿路梗阻、畸形，影响了正常的尿液引流和治疗，都给尿道炎的治疗带来影响，使得传统的药物治疗疗效不佳，治疗更加困难。
五、免疫力低下：同时有些患者免疫力低下，如合并有糖尿病、肿瘤、肝病、营养不良或其他慢性疾病，对尿道炎的治疗也造成很多困难。
