一、后天性的阴茎短小，主要是因睾丸痿缩引起，例如：长其从事微波、超声、高温、放射线等作业的男性，青春期前腮脉炎合并睾丸寒及长期食用粗制棉籽油等，均可以引起睾丸痿缩。
二、在母体怀孕期间因用药不当影响到雄性激素的分泌，产生先天不足，缺乏健壮性机能的营养和原素，形成先天发育不良。
三、青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
四、性生活过度、身体虚弱或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎短小。
五、曾患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素不足。
六、肥胖。一些小腹部、耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性，往往阴茎的发育欠佳，比起正常男性的阴茎会相对短小。的确，与肥大的身体相比，这种短小的阴茎在婚后可能会给性生活带来一定的困难和不理想。
