一、可导致男性不育：尿道炎可以引起男性不育的原因主要是因为炎症引起尿道狭窄和尿道口的梗阻，如波及输精管、附睾等时，可导致纤维组织增生、变形、瘢痕形成，造成输精管道阻塞；并发附睾、精囊、前列腺等炎症时，可影响精液质量，使精子成活率及活动力下降。
二、引起其他泌尿系统疾病：患者一旦得病，细菌常隐伏于尿道内，尤其为后尿道并进入尿道隐窝，尿道旁腺，尿道球部，前列腺及精囊部，也可侵入输精管，附睾及睾丸，引起一系列并发症，如膀胱炎、前列腺炎。急性尿道炎处理不当，甚至并发尿道旁脓肿，脓肿破溃可穿透阴茎皮肤成为尿道瘘。
