一、泌尿生殖系统炎症
包括睾丸炎、附睾炎、精囊炎、前列腺炎、尿道炎等，这类患者在少精症中比例最多。泌尿生殖道的炎症可以直接影响睾丸生精功能，还可以使血液或者精液中产生抗精子抗体，影响精液的酸碱度，加上病原体对精子的直接杀伤作用，可造成精子减少。
二、精索静脉曲张
精索静脉曲张导致的不育症占男性不育的30%-40%。由于睾丸温度升高及毒素淤积等原因使睾丸生精功能受到影响，引起少精症，严重的可造成无精症。精索静脉曲张初起症状不明显，病情重者可感觉阴囊部坠胀，上面突起如蚯蚓状血管团。精液检查可见，精子数量下降，活动度差，畸形精子数增多。
三、内分泌异常
男性正常生精功能依赖于下丘脑—垂体—性腺轴功能的正常，其中任何一环节障碍，都会影响生精功能，其它如甲状腺、肾上腺疾病也会影响生殖腺功能而致少精子症。
